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需要说明的是，当前的AI也绝非万能的，其局限性同样清晰：AlphaFold 在点突变细微结构预测上存在偏差，AI可能产生“幻觉”导致预测失误，一旦应用可能引发过敏、自身免疫等致命风险。保罗的c-KIT蛋白AlphaFold渲染置信度为54.55。AlphaFold的置信度量表中，70以下被视为低置信度，50附近接近"不确定"。
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与此同时，然而，對某些疾病而言，研究人員無法依靠現有藥物來協助開發新療法。他們必須從疾病本身的已知資訊著手；但在某些情況下，這些資訊十分有限，使研究難以展開。
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